Bio.Align.tabular 模块

Bio.Align 对 BLAST 或 FASTA 的表格输出的支持。

此模块包含一个解析器，用于解析使用‘-outfmt 7’参数运行的 BLAST 的表格输出，以及使用‘-m 8CB’或‘-m 8CC’参数的 William Pearson 的 FASTA 比对工具的表格输出。

class Bio.Align.tabular.State(value)

基类：Enum

枚举解析 BTOP 字符串时所需的比对状态。

MATCH = 1

QUERY_GAP = 2

TARGET_GAP = 3

NONE = 4

class Bio.Align.tabular.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

BLAST 或 FASTA 表格输出的比对迭代器。

用于从使用‘-outfmt 7’参数生成的 BLAST 表格输出以及使用‘-m 8CB’或‘-m 8CC’输出格式的 William Pearson 的 FASTA 比对程序生成的表格输出中读取（成对）比对。

fmt: str | None = 'Tabular'

parse_btop(btop)

解析 BTOP 字符串并返回比对坐标。

BTOP（BLAST 回溯操作）字符串由 BLAST 用于描述序列比对。

parse_cigar(cigar)

解析 CIGAR 字符串并返回比对坐标。

由 SAM 序列比对/映射格式定义的 CIGAR 字符串，将序列比对描述为一系列长度和操作（比对/插入/删除）代码。

__abstractmethods__ = frozenset({})