Bio.Align.substitution_matrices 包

模块内容

替换矩阵。

class Bio.Align.substitution_matrices.Array(alphabet=None, dims=None, data=None, dtype=float)

基础类：ndarray

使用整数和字母索引的 numpy 数组子类。

static __new__(cls, alphabet=None, dims=None, data=None, dtype=float)

创建一个新的 Array 实例。

__array_finalize__(obj, /)

为了让子类可以调用 super。不执行任何操作。

__getitem__(key)

返回 self[key]。

__setitem__(key, value)

将 self[key] 设置为 value。

__contains__(key)

返回 key in self。

__array_prepare__(out_arr, context=None)

__array_wrap__(array, [context, ]/)

返回一个与 self 类型相同的 array 的视图。

__array_ufunc__(ufunc, method, *inputs, **kwargs)

__reduce__()

用于腌制。

__setstate__(state, /)

用于解腌制。

state 参数必须是一个包含以下元素的序列

参数:

versionint

可选的腌制版本。如果省略，则默认为 0。

shape元组

dtype数据类型

isFortranbool

rawdata字符串或列表

包含数据的二进制字符串（如果是对象数组，则为列表）

transpose(axes=None)

转置数组。

property alphabet

返回 alphabet 属性。

copy()

创建并返回数组的副本。

get(key, value=None)

如果找到 key，则返回其值；否则返回 value。

items()

返回数组中 (key, value) 对的迭代器。

keys()

返回与数组关联的键的元组。

values()

返回数组中存储的值的元组。

update(E=None, **F)

从 dict/iterable E 和 F 更新数组。

select(alphabet)

通过从指定的字母表中选择字母来对数组进行子集化。

__format__(fmt)

默认对象格式化程序。

format(fmt='')

返回数组的字符串表示。

fmt 参数指定要使用的数字格式。默认情况下，如果数组包含整数，则数字格式为“%i”，否则为“%.1f”。

__str__()

返回 str(self)。

__repr__()

返回 repr(self)。

Bio.Align.substitution_matrices.read(handle, dtype=float)

解析文件并返回一个 Array 对象。

Bio.Align.substitution_matrices.load(name=None)

加载并返回预先计算的替换矩阵。

>>> from Bio.Align import substitution_matrices
>>> names = substitution_matrices.load()