Bio.Align.sam 模块

Bio.Align 对“sam”成对比对格式的支持。

序列比对/映射 (SAM) 格式由 Wellcome Trust Sanger 研究所的 Heng Li 和 Richard Durbin 创建，用于在一个文件中存储一系列对基因组的比对。通常它们用于下一代测序数据。SAM 文件存储已映射序列的比对位置，并且还可以存储比对序列以及与序列相关的其他信息。

有关更多信息，请参阅 http://www.htslib.org/。

您应该通过 Bio.Align 函数使用此模块。

SAM 格式中的坐标定义为以 1 为基准的起始位置；解析器将这些坐标转换为以 0 为基准的坐标，以与 Python 和其他比对格式保持一致。

class Bio.Align.sam.AlignmentWriter(target, md=False)

基类：AlignmentWriter

用于序列比对/映射 (SAM) 文件格式的比对文件写入器。

fmt: str | None = 'SAM'
__init__(target, md=False)

创建一个 AlignmentWriter 对象。

参数
  • md - 如果为 True，则从比对中计算 MD 标记并将其包含在

    输出中。如果为 False（默认值），则不要将 MD 标记包含在输出中。

write_header(stream, alignments)

写入 SAM 标头。

format_alignment(alignment, md=None)

返回一个字符串，其中包含一个格式化为 SAM 单行的比对。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.Align.sam.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

用于序列比对/映射 (SAM) 文件的比对迭代器。

文件中的每一行包含一个基因组比对，这些比对会加载并按增量返回。以下列将作为比对的属性存储

  • flag：FLAG 位掩码组合；

  • mapq：映射质量（仅在可用时存储）

  • rnext：下一个读的初级比对的参考序列名称

    在比对中（仅在可用时存储）

  • pnext：下一个读的初级比对在模板中的以 0 为基准的位置

    （仅在可用时存储）

  • tlen：观察到的带符号模板长度（仅在可用时存储）

通过其标记与比对相关的其他信息存储在每个比对的注释属性中。

任何硬剪切（剪切的序列不在查询序列中）都存储为查询序列记录的注释字典属性中的‘hard_clip_left’和‘hard_clip_right’。

如果可用，序列质量将存储为查询序列记录的letter_annotations字典属性中的‘phred_quality’。

fmt: str | None = 'SAM'
__abstractmethods__ = frozenset({})