Bio.Align.mauve 模块

Bio.Align 对来自 Mauve/ProgressiveMauve 的“xmfa”输出的支持。

预期您将通过 Bio.Align 函数使用此模块。

class Bio.Align.mauve.AlignmentWriter(target, metadata=None, identifiers=None)

基类：AlignmentWriter

Mauve xmfa 对齐写入器。

fmt: str | None = 'Mauve'
__init__(target, metadata=None, identifiers=None)

创建一个 AlignmentWriter 对象。

参数

  • target - 输出流或文件名

  • metadata - 要包含在输出中的元数据。如果 metadata

    为 None，则要写入的对齐对象必须具有一个名为 metadata 的属性。

  • identifiers - 包含在对齐中的序列的 ID 列表。

    序列将根据它们在此列表中的索引进行编号。如果 identifiers 为 None，则要写入的对齐对象必须具有一个名为 identifiers 的属性。

write_header(stream, alignments)

将文件头写入输出文件。

write_file(stream, alignments)

使用对齐编写一个文件，并返回对齐的数量。

alignments - Bio.Align.mauve.AlignmentIterator 对象。

format_alignment(alignment)

返回一个包含以 Mauve 格式表示的单个对齐的字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.Align.mauve.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

Mauve xmfa 对齐迭代器。

fmt: str | None = 'Mauve'
__abstractmethods__ = frozenset({})