Bio.Affy.CelFile 模块

从 Affymetrix CEL 文件版本 3 和 4 读取信息。

exception Bio.Affy.CelFile.ParserError(*args)

基础：ValueError

Affymetrix 解析器错误。

__init__(*args)

初始化类。

class Bio.Affy.CelFile.Record

基础：object

存储 cel 文件中的信息。

示例用法

>>> from Bio.Affy import CelFile
>>> with open("Affy/affy_v3_example.CEL") as handle:
...     c = CelFile.read(handle)
...
>>> print(c.ncols, c.nrows)
5 5
>>> print(c.intensities)
[[  234.   170. 22177.   164. 22104.]
 [  188.   188. 21871.   168. 21883.]
 [  188.   193. 21455.   198. 21300.]
 [  188.   182. 21438.   188. 20945.]
 [  193. 20370.   174. 20605.   168.]]
>>> print(c.stdevs)
[[  24.    34.5 2669.    19.7 3661.2]
 [  29.8   29.8 2795.9   67.9 2792.4]
 [  29.8   88.7 2976.5   62.  2914.5]
 [  29.8   76.2 2759.5   49.2 2762. ]
 [  38.8 2611.8   26.6 2810.7   24.1]]
>>> print(c.npix)
[[25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]]

__init__()

初始化类。

Bio.Affy.CelFile.read(handle, version=None)

读取 Affymetrix CEL 文件并返回 Record 对象。

支持 CEL 文件格式版本 3 和 4。如果知道 CEL 文件格式，请在 version 参数中指定为 3 或 4。如果没有指定版本号，解析器将尝试从文件内容中检测版本。

此函数返回的 Record 对象将 CEL 文件中的强度存储在 record.intensities 中。目前，在解析版本 4 CEL 文件时不会设置 record.mask 和 record.outliers。

示例用法

>>> from Bio.Affy import CelFile
>>> with open("Affy/affy_v3_example.CEL") as handle:
...     record = CelFile.read(handle)
...
>>> record.version == 3
True
>>> print("%i by %i array" % record.intensities.shape)
5 by 5 array

>>> with open("Affy/affy_v4_example.CEL", "rb") as handle:
...     record = CelFile.read(handle, version=4)
...
>>> record.version == 4
True
>>> print("%i by %i array" % record.intensities.shape)
5 by 5 array