用于计算分子生物学的 Python 工具
用于计算分子生物学的 Python 工具
Biopython 新手？查看入门页面，或点击以下链接。
Biopython 教程和食谱包含 Biopython 文档的大部分内容。它提供有关如何开始使用 Biopython 的信息，以及对多个模块的具体文档。
Biopython 模块的 API 文档直接从源代码注释生成，使用 Sphinx autodoc。
Biopython 对 BioSQL 接口的文档涵盖了安装 Python 数据库适配器和 BioSQL 的基本用法。
Andrew Dalke 在南非国家生物信息学网络教授了面向生物信息学的 Python 编程入门课程。
Kristian Rother 写了一本使用两个案例研究学习 Biopython 的 GitBook。
Peter Cock 写了一份Biopython 工作坊，在邓迪大学使用。
Tiago Antao 将教程的大部分内容转换为笔记本格式并对其进行了改编。
Chris Rands 写了一份单独的Biopython 笔记本教程，展示了如何分析像冠状病毒基因组这样的小型序列。
我们有一个单独的引用或使用 Biopython 的出版物列表。如果您在科学出版物中使用 Biopython，请引用应用说明（Cock 等人，2009）和/或其他列出的论文。
Cock PA, Antao T, Chang JT, Chapman BA, Cox CJ, Dalke A, Friedberg I, Hamelryck T, Kauff F, Wilczynski B and de Hoon MJL (2009) Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics, 25, 1422-1423
此应用说明涵盖了整个 Biopython。
Chapman BA and Chang JT (2000). Biopython: Python tools for computational biology. ACM SIGBIO Newsletter, 20, 15-19
这作为项目的正式发布公告。
Hamelryck T and Manderick B (2003) PDB file parser and structure class implemented in Python. Bioinformatics, 22, 2308-2310
这里描述了Bio.PDB 模块。
De Hoon MJ, Imoto S, Nolan J and Miyano S (2004) Open source clustering software. Bioinformatics, 20, 1454-1453
这里描述了Bio.Cluster 模块。
Pritchard L, White JA, Birch PR and Toth IK (2006) GenomeDiagram: a Python package for the visualization of large-scale genomic data. Bioinformatics, 22, 616-617
这描述了GenomeDiagram，它现在已集成到 Biopython 中。
Cock PJ, Fields CJ, Goto N, Heuer ML and Rice PM (2009) The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic Acids Res., 38, 1767-1771
这描述了 Biopython、BioPerl、BioRuby、BioJava 和 EMBOSS 中支持的 FASTQ 文件格式。
Talevich E, Invergo BM, Cock PJ and Chapman BA (2012) Bio.Phylo: a unified toolkit for processing, analyzing and visualizing phylogenetic trees in Biopython. BMC Bioinformatics, 13, 209
这描述了Bio.Phylo 和Bio.Phylo.PAML 模块。
BOSC 2013 演示文稿“Biopython 项目更新”
BOSC 2012 演示文稿“Biopython 项目更新”
BOSC 2011 演示文稿“Biopython 项目更新”
BOSC 2010 演示文稿“Biopython 项目更新”
2010 年 7 月 - EuroSciPy2010，巴黎
2010 年 2 月，佐治亚大学的 Biopython 工作坊
BOSC 2009 演示文稿“Biopython 项目更新”
2009 年 6 月，苏格兰生物信息学论坛 NextGenBug 会议 - 第二代测序数据和 Biopython
2009 年“奎尔梅斯国立大学蛋白质计算生物学研讨会”的笔记本电脑环节 - 第二代测序数据和 Biopython
HTML（需要 Crunchy 在线尝试代码）
BOSC 2008 演示文稿“Biopython 项目更新”
BOSC 2007 演示文稿“Biopython 项目更新”
2004 年 3 月，Exelixis 关于 Biopython 的演示文稿。包括使用 Biopython 库和 Martel 的代码示例。
BOSC 2003 演示文稿，介绍 Biopython 及其在实验室分析流程中的应用。
关于使用 Biopython 进行脚本编写的通用演讲，其中包含引物设计程序的示例（旧版）。
关于 Python 和 Biopython 的演讲，重点介绍 Biopython 的设计目标（旧版）。
阅读有关Biopython logo的更多信息。