用于计算分子生物学的 Python 工具
用于计算分子生物学的 Python 工具
| 名称 | LIBSVM |
| 作者 | Chih-Chung Chang 和 Chih-Jen Lin |
| 网址 | http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/ |
| 描述 | LIBSVM 是一个用于支持向量分类、回归和分布估计的集成软件。它包括一个 Python 接口和关于 SVM 的优秀文档。 |
| 名称 | PyML |
| 作者 | Asa Ben-Hur |
| 网址 | http://pyml.sourceforge.net/ |
| 描述 | PyML 是一个灵活的 Python 框架，用于使用各种分类方法，包括支持向量机 (SVM)。它提供了模型选择和特征选择的工具。 |
| 名称 | PyMOL |
| 作者 | Warren DeLano |
| 网址 | http://www.pymol.org/ |
| 描述 | PyMOL 是一个用 Python 语言编写的开源分子建模程序。许多 Python 脚本可用于将 PyMOL 连接到标准结构分析程序。 |
| 名称 | GenomeDiagram（从 Biopython 1.50 版本开始包含） |
| 作者 | Leighton Pritchard |
| 网址 | https://ics.hutton.ac.uk/software/tools/ |
| 描述 | 基因组和生物序列示意图绘制软件包。以多种矢量和位图格式创建出版质量的基因组示意图。 |
| 名称 | Python 大分子库 (mmLib) |
| 作者 | Jay Painter |
| 网址 | http://pymmlib.sourceforge.net/ |
| 描述 | Python 大分子库 (mmLib) 是一个软件工具包和例程库，用于分析和操作大分子结构模型，用 Python 编程语言实现。它通过分层的面向对象应用程序编程接口进行访问，并提供了一系列有用的软件组件，用于解析 mmCIF、PDB 和 MTZ 文件、原子元素和单体的库、描述生物大分子的面向对象数据结构以及 OpenGL 分子查看器。 |
| 名称 | pyzerg |
| 作者 | Leighton Pritchard |
| 网址 | https://pypi.python.org/pypi/PyZerg/0.1 |
| 描述 | Zerg BLAST 解析器的 Python 包装器，这是一个用 C 语言编写的非常快的 BLAST 解析器库。 |
| 名称 | Pycluster |
| 作者 | Michiel de Hoon |
| 网址 | https://pypi.python.org/pypi/Pycluster |
| 描述 | 这是一个用于聚类基因表达数据的 Python C 扩展模块。与 Biopython 相同的软件包可用（参见 Bio.Cluster）。 |
| 名称 | Dinu Gherman 的比对代码 |
| 作者 | Dinu Gherman |
| 网址 | http://starship.python.net/crew/gherman/potpurri/align/ |
| 描述 | 用于成对序列比对的代码。 |
| 名称 | 开放式结果基础设施 (OIO) |
| 作者 | Andrew P. Ho |
| 网址 | http://www.TxOutcome.Org/ |
| 描述 | OIO 是一款免费（如 GPL）的基于网络的研究和临床数据系统，提供用户可扩展的即插即用组件和数据挖掘工具。我们在 Harbor-UCLA 使用它来获取健康/治疗结果数据。表单/元数据可以导出/导入为 XML，并通过 www.TxOutcome.Org 上的在线 OIO 库进行交换。它用 Zope/Python 编写，使用 PostgreSQL 数据库后端。据我所知，它尚未用于管理基因序列/注释数据，但扩展它以实现这些功能将是微不足道的。 |
| 名称 | Arne Mueller 的 BLAST 解析器 |
| 作者 | Arne Mueller |
| 网址 | http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~mueller/ |
| 描述 | 用 python 编写的，用于 python 的 BLAST 和 PSI-BLAST 解析器。 |
| 名称 | PyPhy |
| 作者 | Thomas Sicheritz-Ponten |
| 网址 | http://www.cbs.dtu.dk/~thomas/pyphy/pyphy.html |
| 描述 | PyPhy 是一套用于自动、大规模重建完整微生物基因组的系统发育关系的 python 脚本和模块。PyPhy 包含 AutoTree，它会自动为 FASTA 文件中的每个氨基酸序列生成系统发育树，以及 Xphylome，它会生成和可视化微生物基因组的 Phylome 地图。 |
| 名称 | Scripps 分子图形实验室 Python 软件 |
| 作者 | Michel Sanner |
| 网址 | http://mgltools.scripps.edu/ |
| 描述 | 此网站包含处理结构生物信息学和分子可视化的代码。这包括 MolKit，它从许多文件格式读取分子；PyBabel，它构建分子结构；MSLib，它包装了分子表面计算库；Python 分子查看器 (PMV)，它提供了一个完整的查看器；AutoDockTools，它提供了一个 GUI 来设置配体与蛋白质对接实验；还有更多。 |
| 名称 | Konrad Hinsen 的 Python 页面 - MMTK 和 ScientificPython |
| 作者 | Konrad Hinsen |
| 网址 | http://dirac.cnrs-orleans.fr/MMTK/ |
| 描述 | 包含分子建模工具包 (MMTK)，这是一个用于分子模拟应用程序的开源程序库。此外，Konrad 还拥有 ScientificPython，它收集了许多在科学计算中很有用的模块，包括用于统计、基本几何等的代码。 |
| 名称 | Paul Magwene 的 Python 页面 |
| 作者 | Paul Magwene |
| 网址 | https://github.com/pmagwene?tab=repositories |
| 描述 | 它收集了 Paul 用于执行不同任务的模块（以及关于他为什么喜欢 python 的链接和一篇不错的文章）。一个特别有趣的模块是 disipyl，它为 Dislin 绘图库提供了一个面向对象的接口。 |
| 名称 | snpFC |
| 作者 | Ram Krishna Shrestha |
| 网址 | https://github.com/TeamMacLean/snpFC |
| 描述 | snpFC 是一款用于使用过滤参数轻松过滤 VCF 记录并将两个或多个 VCF 记录进行比较以获取唯一记录和公共记录的工具。 |