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当前版本 - 1.84 - 2024 年 6 月 28 日

另请参见 新功能

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Biopython 1.84

安装说明

所有支持的 Python 版本都包含 Python 包管理工具 pip,它允许在所有平台上从命令行轻松安装。尝试

pip install biopython

要更新旧版本的 Biopython,请尝试

pip install biopython --upgrade

这将在安装最新版本之前删除旧版本的 Biopython 和 NumPy。

如果您想卸载 Biopython

pip uninstall biopython

如果 pip 尚未安装,您可能需要更新您的 Python,但首先尝试

python -m ensurepip

如果您需要在特定版本的 Python 下安装,请尝试类似的操作

python3.9 -m pip install biopython
pypy -m pip install biopython

在 **Windows** 上,默认情况下 pythonpip 不在 PATH 中。您可以重新安装 Python 并勾选此选项,或者提供完整路径。尝试类似的操作,具体取决于您的 Python 复制副本的安装位置

C:\Python39\Scripts\pip install biopython

其他包

虽然我们通常建议使用 pip 通过我们提供在 PyPI 上的 wheel 包来安装 Biopython(如上所述),但也存在 用于 Conda、Linux 等的 Biopython 包

从源代码安装

从源代码安装需要合适的 C 编译器,例如 **Linux** 上的 GCC 以及 **Windows** 上的 MSVC。对于 **macOS**,如果您想从源代码编译 Biopython,则需要安装 Apple 的命令行工具,这可以通过终端命令完成

xcode-select --install

这将提供安装 Apple 的 XCode 开发套件的选项 - 您可以,但这不是必需的,并且会占用大量磁盘空间。

然后,您可以下载并解压缩 Biopython 源代码版本,或者从 GitHub 获取我们的代码。然后运行

python setup.py build
python setup.py test
python setup.py install

pip install .

如果您仍然遇到问题,请注册 Biopython 邮件列表 并寻求帮助。

所需软件

可选软件

Biopython 的某些部分使用以下其他 python 库

此外,Biopython 包含用于调用许多第三方命令行工具的包装代码,包括

旧版本

Biopython 的最新版本需要 NumPy(而不是 Numeric)。版本 1.76 是最后一个支持 Python 2.7 和 3.5 的版本,所有后续版本都需要 Python 3

请注意,Biopython 1.48 及更早版本需要 Numeric 库,而不是它的替代库 NumPy。 适用于 Python 2.4 及更早版本的 Windows 安装程序可从 Numerical Python 网站获取。 适用于 Python 2.5 的 Numeric 24.2 的 Windows 安装程序可在此处获取

请注意,Biopython 1.48 及更早版本在某些解析器中使用了 mxTextTools 2.0。 mxTextTools 3.0 存在一些小问题,因此理想情况下应安装旧版本的 mxTextTools 2.0。