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当前版本 - 1.84 - 2024 年 6 月 28 日
另请参见 新功能。
文件
Biopython 1.84
安装说明
所有支持的 Python 版本都包含 Python 包管理工具 pip
,它允许在所有平台上从命令行轻松安装。尝试
要更新旧版本的 Biopython,请尝试
pip install biopython --upgrade
这将在安装最新版本之前删除旧版本的 Biopython 和 NumPy。
如果您想卸载 Biopython
如果 pip 尚未安装,您可能需要更新您的 Python,但首先尝试
如果您需要在特定版本的 Python 下安装,请尝试类似的操作
python3.9 -m pip install biopython
pypy -m pip install biopython
在 **Windows** 上,默认情况下 python
和 pip
不在 PATH
中。您可以重新安装 Python 并勾选此选项,或者提供完整路径。尝试类似的操作,具体取决于您的 Python 复制副本的安装位置
C:\Python39\Scripts\pip install biopython
其他包
虽然我们通常建议使用 pip
通过我们提供在 PyPI 上的 wheel 包来安装 Biopython(如上所述),但也存在 用于 Conda、Linux 等的 Biopython 包。
从源代码安装
从源代码安装需要合适的 C 编译器,例如 **Linux** 上的 GCC 以及 **Windows** 上的 MSVC。对于 **macOS**,如果您想从源代码编译 Biopython,则需要安装 Apple 的命令行工具,这可以通过终端命令完成
这将提供安装 Apple 的 XCode 开发套件的选项 - 您可以,但这不是必需的,并且会占用大量磁盘空间。
然后,您可以下载并解压缩 Biopython 源代码版本,或者从 GitHub 获取我们的代码。然后运行
python setup.py build
python setup.py test
python setup.py install
或
如果您仍然遇到问题,请注册 Biopython 邮件列表 并寻求帮助。
所需软件
- Python 3 或 PyPy(您要安装的 Biopython 版本支持的版本),包括 Python 开发头文件,例如
python.h
(如果从源代码编译)
- C 编译器(如果从源代码编译) 您需要一个
setuptools
支持的 C 编译器,**gcc** 在类 Unix 平台上可以正常工作。尝试在 Windows 上使用 MSVC。在 macOS 上,您应该安装 Apple 的编译器工具,如上所述。
- NumPy(数值 Python).
可选软件
Biopython 的某些部分使用以下其他 python 库
此外,Biopython 包含用于调用许多第三方命令行工具的包装代码,包括
旧版本
Biopython 的最新版本需要 NumPy(而不是 Numeric)。版本 1.76 是最后一个支持 Python 2.7 和 3.5 的版本,所有后续版本都需要 Python 3
请注意,Biopython 1.48 及更早版本需要 Numeric 库,而不是它的替代库 NumPy。 适用于 Python 2.4 及更早版本的 Windows 安装程序可从 Numerical Python 网站获取。 适用于 Python 2.5 的 Numeric 24.2 的 Windows 安装程序可在此处获取
请注意,Biopython 1.48 及更早版本在某些解析器中使用了 mxTextTools 2.0。 mxTextTools 3.0 存在一些小问题,因此理想情况下应安装旧版本的 mxTextTools 2.0。
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