计算分子生物学的 Python 工具

Biopython 版本 1.84
© 2024. 保留所有权利。
在 GitHub 上编辑此页面

使用 Biopython 的出版物。

有一个单独的更短的 您可能希望引用的 Biopython 论文列表。

这是一个按年份排序，按作者姓名字母排序的引用、参考或使用 Biopython 的论文列表。在许多情况下，这些引用只是通过网站进行的，现在不鼓励这样做，因为 Biopython 应用笔记已经出版 (Cock 等人，2009)。遗憾的是，在某些情况下，手稿本身并没有直接提到 Biopython，但作者明确证实了这一点。

2010 年及以后的出版物

我们不打算手动编译一个列表，因为大多数出版物都应该明确地引用我们的应用笔记 Cock 等人，2009（和/或其中一篇模块特定的论文）。

2009 年的出版物

  1. Armano G 和 Manconi A (2009) ProDaMa：一个用于生成蛋白质结构数据集的开源 Python 库。 BMC Res Notes, 2, 202

    使用 Bio.PDB

  2. Banach M, Stapor K 和 Roterman I (2009) 伴侣蛋白结构：大型多亚基蛋白质复合物。 Int J Mol Sci, 10, 844-861

    使用 Bio.PDB 和 Bio.KDTree

  3. Berkholz DS, Krenesky PB, Davidson JR 和 Karplus PA (2009) 蛋白质几何数据库：一个灵活的引擎，用于探索主链构象及其与共价几何的关系。 Nucleic Acids Res, 38, D320-D325

    使用 Bio.PDB

  4. Chi SW, Zang JB, Mele A 和 Darnell RB (2009) Argonaute HITS-CLIP 解码 microRNA-mRNA 相互作用图。 Nature, 460, 479-86

    一般的生物信息学分析，包括计算机模拟随机 CLIP（交联免疫沉淀）

  5. Bouvier G, Evrard-Todeschi N, Girault JP 和 Bertho G (2009) 使用自组织映射在虚拟筛选过程中自动聚类对接姿态。 Bioinformatics, 26, 53-60

    使用 Bio.PDB

  6. Cock PJ, Antao T, Chang JT, Chapman BA, Cox CJ, Dalke A, Friedberg I, Hamelryck T, Kauff F, Wilczynski B 和 de Hoon MJ (2009) Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。 Bioinformatics, 25, 1422-3

    这篇应用笔记涵盖了 Biopython 的全部内容。

  7. Cock PJ, Fields CJ, Goto N, Heuer ML 和 Rice PM (2009) 具有质量分数的序列的 Sanger FASTQ 文件格式以及 Solexa/Illumina FASTQ 变体。 Nucleic Acids Res., 38, 1767-71

    这描述了 Biopython、BioPerl、BioRuby、BioJava 和 EMBOSS 中支持的 FASTQ 文件格式。

  8. Cox CJ, Foster PG, Hirt RP, Harris SR 和 Embley TM (2008) 真核生物的古细菌起源。 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 105, 20356-61

    使用 Bio.Blast、Bio.Fasta 和 Bio.Nexus

  9. Daily MD 和 Gray JJ (2009) 异位通讯通过蛋白质中三级和四级运动网络发生。 PLoS Comput. Biol., 5, e1000293

    使用 Bio.SVDSuperimposer（可能也使用 Bio.PDB）

  10. Donaire L, Wang Y, Gonzalez-Ibeas D, Mayer KF, Aranda MA 和 Llave C (2009) 植物病毒小 RNA 的深度测序揭示了对病毒基因组的有效和广泛的靶向。 Virology, 392, 203-14

    使用 Biopython 从 454 测序读数中去除接头

  11. Dudley JT 和 Butte AJ (2009) 开发有效生物信息学编程技能的快速指南。 PLoS Comput. Biol., 5, e1000589

    一篇引用 Biopython 和其他项目的生物信息学综述

  12. Garbino A, van Oort RJ, Dixit SS, Landstrom AP, Ackerman MJ 和 Wehrens XH (2009) 连接蛋白基因家族的分子进化。 Physiol. Genomics, 37, 175-86

  13. Gould CM, Diella F, Via A, Puntervoll P, Gemünd C, Chabanis-Davidson S, Michael S, Sayadi A, Bryne JC, Chica C, Seiler M, Davey NE, Haslam N, Weatheritt RJ, Budd A, Hughes T, Pas J, Rychlewski L, Travé G, Aasland R, Helmer-Citterich M, Linding R 和 Gibson TJ (2009) ELM：2010 年真核线性基序资源现状。 Nucleic Acids Res., 38, D167-80

    使用 Biopython 从 SWISS-PROT 和 PubMed 中检索信息

  14. Han MV 和 Zmasek CM (2009) phyloXML：进化生物学和比较基因组学的 XML。 BMC Bioinformatics, 10, 356

  15. Holden N, Pritchard L 和 Toth I (2009) 结肠以外的定殖：植物作为人类病原性肠杆菌的替代环境库。 FEMS Microbiol. Rev., 33, 689-703

    使用 Bio.SeqIO、BioSQL 和 GenomeDiagram

  16. Ihekwaba AE, Nguyen PT 和 Priami C (2009) 阐明信号通路相互作用的功能后果。 BMC Bioinformatics, 10, 370

    数据挖掘

  17. Jankun-Kelly TJ, Lindeman AD 和 Bridges SM (2009) 对多序列比对中保守域的探索性可视化分析。 BMC Bioinformatics, 10 Suppl 11, S7

    使用 Biopython 处理序列比对

  18. Jones JT, Kumar A, Pylypenko LA, Thirugnanasambandam A, Castelli L, Chapman S, Cock PJ, Grenier E, Lilley CJ, Phillips MS 和 Blok VC (2009) 鉴定和功能表征马铃薯囊线虫的不同生命周期阶段中表达序列标签中的效应因子 Globodera pallida。 Mol. Plant Pathol., 10, 815-28

    使用 Biopython 进行序列操作

  19. Korhonen J, Martinmäki P, Pizzi C, Rastas P 和 Ukkonen E (2009) MOODS：快速搜索 DNA 序列中的位置权重矩阵匹配。 Bioinformatics, 25, 3181-2

    包括一个 Python 包装器，其中包含使用 Biopthon 的示例

  20. Lundborg M, Modhukur V 和 Widmalm G (2009) E. coli O 抗原的糖基转移酶功能。 Glycobiology, 20, 366-8

  21. Macdonald N, Parks D 和 Beiko R (2009) SeqMonitor：流感分析管道和可视化。 PLoS Curr, 1, RRN1040

  22. Miles LG, Isberg SR, Glenn TC, Lance SL, Dalzell P, Thomson PC 和 Moran C (2009) 咸水鳄 (Crocodylus porosus) 的遗传连锁图。 BMC Genomics, 10, 339

    使用 Biopython 处理微卫星位点的基因型

  23. Muller B, Richards AJ, Jin B 和 Lu X (2009) GOGrapher：一个用于 GO 图表示和分析的 Python 库。 BMC Res Notes, 2, 122

  24. Narayanan A, Sellers BD 和 Jacobson MP (2009) 基于能量的轻链和重链抗体可变域之间方向的分析和预测。 J. Mol. Biol., 388, 941-53

    使用 Bio.SVDSuperimposer（可能也使用 Bio.PDB）

  25. Parisien M, Cruz JA, Westhof E 和 Major F (2009) 比较和评估 RNA 3D 结构和模型之间差异的新指标。 RNA, 15, 1875-85

    使用 Bio.PDB

  26. Schanda P. (2009) 快速脉冲纵向弛豫优化技术：丰富快速生物分子核磁共振波谱的工具箱。 Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy, 55, 238-264

    使用 Bio.PDB

  27. Smith SA, Beaulieu JM 和 Donoghue MJ (2009) 比较生物学的巨型系统发育方法：一种替代超树和超矩阵方法的方案。 BMC Evol. Biol., 9, 37

    使用 Biopython 实现带有 BioSQL 的管道

  28. Stivala A, Wirth A 和 Stuckey PJ (2009) 使用二次规划的基于表格的蛋白质亚结构搜索。 BMC Bioinformatics, 10, 153

    PDB、SCOP 和 ASTRAL 数据

  29. Sun C, Wang X, Lin L. (2009) 用于基因名称规范的多级消歧框架。 Acta Automatica Sinica, 35, 193-197

    使用 Biopython 访问 MEDLINE

  30. Szabó TG, Palotai R, Antal P, Tokatly I, Tóthfalusi L, Lund O, Nagy G, Falus A 和 Buzás EI (2009) 糖基化在决定 T 细胞表位长度和结构中的关键作用。 Immunome Res, 5, 4

    使用 Biopython 进行序列操作和分析

  31. Tanaka LY, Herskovic JR, Iyengar MS 和 Bernstam EV (2009) 用于搜索生物医学文献的顺序结果细化。 J Biomed Inform, 42, 678-84

    使用 Biopython 访问 MEDLINE

  32. Thomson RC (2009) PhyLIS：一个简单的 GNU/Linux 发行版，用于系统发育学和系统发育信息学。 Evol. Bioinform. Online, 5, 91-5

    一个包含 Biopython 的 Linux 发行版

  33. Torrance GM, Leader DP, Gilbert DR 和 Milner-White EJ (2008) 蛋白质中由阳离子基团桥接的一种新型主链基序：生态位。 J. Mol. Biol., 385, 1076-86

    使用 Biopython 进行 k 均值算法

  34. Van der Auwera GA, Król JE, Suzuki H, Foster B, Van Houdt R, Brown CJ, Mergeay M 和 Top EM (2009) 在 C. metallidurans CH34 中捕获的质粒：定义 PromA 家族的广宿主范围质粒。 Antonie Van Leeuwenhoek, 96, 193-204

    使用 Biopython 和 GenomeDiagram 绘制质粒图和比对图

  35. Weil P, Hoffgaard F 和 Hamacher K (2009) 通过互信息估计共进化分析中的充分统计量。 Comput Biol Chem, 33, 440-4

    使用 Biopython 进行序列操作

  36. Wiwanitkit V (2009) 雄激素受体中的弱连锁：突变易发点的鉴定。 Fertil. Steril., 91, e1-3

    使用 Biopython 处理 ExPASy

2008 年的出版物

  1. Wiwanitkit V (2008) 家族性偏瘫性偏头痛中的 FHM3 比 FHM1 和 FHM2 更耐突变。 J. Neurol. Sci., 277, 76-9

    使用 Biopython 处理 ExPASy

  2. Antao T, Lopes A, Lopes RJ, Beja-Pereira A 和 Luikart G (2008) LOSITAN：一个基于 Fst 外围方法检测分子适应的工具箱。 BMC Bioinformatics, 9, 323

    使用 Bio.PopGen

  3. Cardona G, Rosselló F 和 Valiente G (2008) 扩展的新威克：是时候制定系统发育网络的标准表示了。 BMC Bioinformatics, 9, 532

  4. Diella F, Gould CM, Chica C, Via A 和 Gibson TJ (2007) Phospho.ELM：磷酸化位点的数据库 - 2008 年更新。 Nucleic Acids Res., 36, D240-4

    与 UniProt 和 PubMed 结合使用

  5. Faircloth BC (2008) MSATCOMMANDER：检测微卫星重复阵列和自动的、位点特异性的引物设计。 Molecular Ecology Resources, 8, 92-94

    使用 Bio.SeqIO

  6. Feldhahn M, Thiel P, Schuler MM, Hillen N, Stevanovic S, Rammensee HG 和 Kohlbacher O (2008) EpiToolKit - 用于计算免疫学的网络服务器。 Nucleic Acids Res., 36, W519-22

    使用 Biopython 完成一些未指定的任务

  7. Fourment M 和 Gillings MR (2008) 对生物信息学中使用的常见编程语言的比较。 BMC Bioinformatics, 9, 82

  8. Frelinger J、Kepler TB 和 Chan C (2008) Flow：流式细胞术的统计、可视化和信息学。 Source Code Biol Med, 3, 10

    使用 PyCluster / Bio.Cluster

  9. Geraci F、Pellegrini M 和 Renda ME (2008) AMIC@：一次完成所有微阵列聚类。 Nucleic Acids Res., 36, W315-9

    使用 PyCluster / Bio.Cluster 和 Biopython 的其他未指定部分

  10. Gront D 和 Kolinski A (2008) 结构生物信息学的实用程序库。 Bioinformatics, 24, 584-5

  11. Higa RH 和 Tozzi CL (2008) 一种简单高效的预测蛋白质-蛋白质相互作用位点的方法。 Genet. Mol. Res., 7, 898-909

    使用 Bio.PDB

  12. Kim N 和 Lee C (2008) 生物信息学检测可变剪接。 Methods Mol. Biol., 452, 179-97

  13. Langkilde A、Kristensen SM、Lo Leggio L、Mølgaard A、Jensen JH、Houk AR、Navarro Poulsen JC、Kauppinen S 和 Larsen S (2008) 蛋白质中的短强氢键：以鼠李糖半乳糖醛酸酯乙酰酯酶为例。 Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr., D64, 851-63

    使用 Bio.PDB

  14. Koczyk G 和 Berezovsky IN (2008) 域层次结构和闭合环路 (DHcL)：一个用于探索蛋白质域结构层次的服务器。 Nucleic Acids Res., 36, W239-45

    使用 Bio.PDB

  15. Munteanu CR、González-Díaz H 和 Magalhães AL (2008) 基于组成、序列、3D 和拓扑指标的酶/非酶分类模型复杂性。 J. Theor. Biol., 254, 476-82

    使用 Bio.PDB

  16. Park D、Kim BC、Cho SW、Park SJ、Choi JS、Kim SI、Bhak J 和 Lee S (2008) MassNet：蛋白质质谱数据的功能注释服务。 Nucleic Acids Res., 36, W491-5

    使用 Biopython 计算疏水性曲线

  17. Ponty Y、Istrate R、Porcelli E 和 Clote P (2008) LocalMove：计算生物聚合物的晶格拟合。 Nucleic Acids Res., 36, W216-22

    使用 Biopython 处理晶格结构，包括叠加

  18. Raman K、Yeturu K 和 Chandra N (2008) targetTB：通过相互作用组、反应组和基因组规模结构分析的结核分枝杆菌靶标识别管道。 BMC Syst Biol, 2, 109

    使用 Bio.Blast

  19. Singh S (2008) 印度采用开源方法进行药物发现。 Cell, 133, 201-3

  20. Song J、Tan H、Takemoto K 和 Akutsu T (2008) HSEpred：预测蛋白质序列的半球暴露。 Bioinformatics, 24, 1489-97

    使用 Bio.PDB

  21. Southey BR、Sweedler JV 和 Rodriguez-Zas SL (2008) 一个用于识别前激素前体和预测前激素切割位点的 Python 分析管道。 Front Neuroinform, 2, 7

  22. Walters J、Binkley E、Haygood R 和 Romano LA (2008) 强棘皮动物海胆中骨针基质基因 SM50 的顺式调控区的进化分析。 Dev. Biol., 315, 567-78

    使用 Biopython 进行序列操作

  23. Whitworth DE 和 Cock PJ (2008) 粘细菌的双组分系统：结构、多样性和进化关系。 Microbiology (Reading, Engl.), 154, 360-72

    使用 Bio.SeqIO、Bio.AlignIO 和 Bio.Blast

  24. Wiwanitkit V (2008) 鉴定阴道毛滴虫铁氧还蛋白中易发生突变的弱点。 Indian J Med Microbiol, 26, 158-9

    使用 Biopython 处理 ExPASy

  25. Wiwanitkit V (2007) 凝血酶受体中的易发生突变的位点。 J. Thromb. Thrombolysis, 25, 190-2

    使用 Biopython 处理 ExPASy

2007 年出版物

  1. Antao T、Beja-Pereira A 和 Luikart G (2007) MODELER4SIMCOAL2：一个用户友好且可扩展的模型构建器，用于为合并模拟构建人口统计和连接基因座模型。 Bioinformatics, 23, 1848-50

  2. Avrova AO、Whisson SC、Pritchard L、Venter E、De Luca S、Hein I 和 Birch PR (2007) 一个新的非编码蛋白质的感染特异性基因家族在疫霉基因组中集中分布。 Microbiology (Reading, Engl.), 153, 747-59

  3. Bassi S (2007) 生命科学研究人员的 Python 入门。 PLoS Comput. Biol., 3, e199

  4. Bernauer J、Azé J、Janin J 和 Poupon A (2007) 一种基于界面残基特性的新型蛋白质-蛋白质对接评分函数。 Bioinformatics, 23, 555-62

  5. Domingues FS、Rahnenführer J 和 Lengauer T (2007) 替代蛋白质结构的构象分析。 Bioinformatics, 23, 3131-8

  6. Chapman MA、Chang J、Weisman D、Kesseli RV 和 Burke JM (2007) 菊科 (菊科) 的比较作图和系统发育分析的通用标记。 Theor. Appl. Genet., 115, 747-55

  7. Cock PJ 和 Whitworth DE (2007) 基因重叠的演化：原核生物双组分系统基因中的相对阅读框偏差。 J. Mol. Evol., 64, 457-62

  8. Cock PJ 和 Whitworth DE (2007) 原核生物双组分系统信号通路演化：基因融合和分裂。 Mol. Biol. Evol., 24, 2355-7

  9. Craddock T、Harwood CR、Hallinan J 和 Wipat A (2008) 电子科学：缓解大规模基因组分析中的瓶颈。 Nat. Rev. Microbiol., 6, 948-54

  10. Ferrè F、Ponty Y、Lorenz WA 和 Clote P (2007) DIAL：一个用于使用核苷酸、二面角和碱基配对相似性对两个 RNA 三维结构进行成对比对的网络服务器。 Nucleic Acids Res., 35, W659-68

  11. Gentle IE、Perry AJ、Alcock FH、Likić VA、Dolezal P、Ng ET、Purcell AW、McConnville M、Naderer T、Chanez AL、Charrière F、Aschinger C、Schneider A、Tokatlidis K 和 Lithgow T (2007) 保守基序揭示了线粒体膜间隙中小型 TIM 伴侣的祖先和结构细节。 Mol. Biol. Evol., 24, 1149-60

  12. Grünberg R、Nilges M 和 Leckner J (2007) Biskit：一个用于结构生物信息学的软件平台。 Bioinformatics, 23, 769-70

  13. Hackney JA、Ehrenkaufer GM 和 Singh U (2007) 使用贝叶斯推断识别溶组织内阿米巴中推定的转录调控网络。 Nucleic Acids Res., 35, 2141-52

    描述了 Bio.MEME 模块

  14. Kauff F、Cox CJ 和 Lutzoni F (2007) WASABI：一个用于多基因系统发育的自动序列处理系统。 Syst. Biol., 56, 523-31

  15. Ma BG、Chen LL 和 Zhang HY (2007) 什么决定蛋白质折叠类型？对内在结构特性的研究及其对理解折叠机制的意义。 J. Mol. Biol., 370, 439-48

  16. Picardi E、Regina TM、Brennicke A 和 Quagliariello C (2006) REDIdb：RNA 编辑数据库。 Nucleic Acids Res., 35, D173-7

  17. Pietal MJ、Tuszynska I 和 Bujnicki JM (2007) PROTMAP2D：蛋白质结构二维图的可视化、比较和分析。 Bioinformatics, 23, 1429-30

  18. Rattei T、Ott S、Gutacker M、Rupp J、Maass M、Schreiber S、Solbach W、Wirth T 和 Gieffers J (2007) 通过对单核苷酸多态性进行全基因组分析，确定了肺炎衣原体的遗传多样性：高度克隆种群结构的证据。 BMC Genomics, 8, 355

  19. Sander O、Sing T、Sommer I、Low AJ、Cheung PK、Harrigan PR、Lengauer T 和 Domingues FS (2007) gp120 V3 环的结构描述符，用于预测 HIV-1 共受体使用。 PLoS Comput. Biol., 3, e58

  20. Tagami Y、Inaba N、Kutsuna N、Kurihara Y 和 Watanabe Y (2007) 拟南芥感染烟草花叶病毒后 miRNA 的特异性富集。 DNA Res., 14, 227-33

  21. Watanabe H、Enomoto T 和 Tanaka S (2007) 利用片段分子轨道方法对高等植物和热藻 Rubiscos 中的分子相互作用进行从头算研究。 Biochem. Biophys. Res. Commun., 361, 367-72

  22. Whisson SC、Boevink PC、Moleleki L、Avrova AO、Morales JG、Gilroy EM、Armstrong MR、Grouffaud S、van West P、Chapman S、Hein I、Toth IK、Pritchard L 和 Birch PR (2007) 用于将卵菌效应蛋白传递到宿主植物细胞中的转运信号。 Nature, 450, 115-8

  23. Won KJ、Hamelryck T、Prügel-Bennett A 和 Krogh A (2007) 一种用于学习 HMM 结构的进化方法：蛋白质二级结构的预测。 BMC Bioinformatics, 8, 357

2006 年出版物

  1. Benita Y、Wise MJ、Lok MC、Humphery-Smith I 和 Oosting RS (2006) 分析大肠杆菌中的高通量蛋白质表达。 Mol. Cell Proteomics, 5, 1567-80

    这描述了一些 Bio.SeqUtils 模块

  2. Bonis J、Furlong LI 和 Sanz F (2006) OSIRIS：一个用于检索有关序列变异文献的工具。 Bioinformatics, 22, 2567-9

  3. Casbon JA、Crooks GE 和 Saqi MA (2006) 一个用 Python 实现的 SCOP 和 ASTRAL 的高级接口。 BMC Bioinformatics, 7, 10

    描述了对 Bio.SCOP 模块的添加

  4. Croce O、Lamarre M 和 Christen R (2006) 使用特征行中包含的复杂关键字查询公共数据库以获取序列。 BMC Bioinformatics, 7, 45

  5. Ferreira AO、Myers CR、Gordon JS、Martin GB、Vencato M、Collmer A、Wehling MD、Alfano JR、Moreno-Hagelsieb G、Lamboy WF、DeClerck G、Schneider DJ 和 Cartinhour SW (2006) 全基因组表达谱分析定义了丁香假单胞菌番茄致病变种 DC3000 的 HrpL 调控子，允许从头构建 Hrp 顺式元件，并识别新的共调控基因。 Mol. Plant Microbe Interact., 19, 1167-79

  6. Friedberg I、Harder T 和 Godzik A (2006) JAFA：一个蛋白质功能注释元服务器。 Nucleic Acids Res., 34, W379-81

  7. Gront D 和 Kolinski A (2006) BioShell - 一个用于结构生物学计算的工具包。 Bioinformatics, 22, 621-2

  8. Hegedűs T 和 Riordan JR (2006) 使用优化的 RDBMS 解决方案 mBioSQL 搜索与 CFTR R 结构域相似的蛋白质。 Central European Journal of Biology, 1, 29-42

  9. Lee KT、Park EW、Moon S、Park HS、Kim HY、Jang GW、Choi BH、Chung HY、Lee JW、Cheong IC、Oh SJ、Kim H、Suh DS 和 Kim TH (2005) 猪 6 号染色体上脂肪性状的潜在 QTL 区的基因组序列分析。 Genomics, 87, 218-24

  10. Mattingly CJ、Rosenstein MC、Davis AP、Colby GT、Forrest JN 和 Boyer JL (2006) 比较毒理基因组学数据库：构建化学-基因相互作用网络的跨物种资源。 Toxicol. Sci., 92, 587-95

  11. Munos B (2006) 开源研发能否重振药物研究？ Nat Rev Drug Discov, 5, 723-9

  12. Nilsen H，Hayes B，Berg PR，Roseth A，Sundsaasen KK，Nilsen K 和 Lien S（2008）构建牛染色体 6 的高密度 SNP 图谱，以协助牛基因组序列组装。 Anim. Genet., 39, 97-104

  13. Pritchard L，White JA，Birch PR 和 Toth IK（2005）GenomeDiagram：用于可视化大规模基因组数据的 Python 包。 Bioinformatics, 22, 616-7

    这描述了 GenomeDiagram，现在是 Bio.Graphics 模块的一部分。

  14. Stajich JE 和 Lapp H（2006）生物信息学的开源工具和工具包：重要性以及我们身在何处？ Brief. Bioinformatics, 7, 287-96

  15. Taylor J 和 Provart NJ（2006）CapsID：一个用于开发用于基因分型的简明 CAPS 分子标记集的网络工具。 BMC Genet., 7, 27

    这描述了 Bio.CAPS 模块。

  16. Ternes P，Sperling P，Albrecht S，Franke S，Cregg JM，Warnecke D 和 Heinz E（2005）通过系统发育分析鉴定真菌鞘脂 C9-甲基转移酶。 J. Biol. Chem., 281, 5582-92

  17. Toth IK，Pritchard L 和 Birch PR（2006）比较基因组学揭示了肠杆菌植物病原体的独特之处。 Annu Rev Phytopathol, 44, 305-36

  18. Windsor AJ，Schranz ME，Formanová N，Gebauer-Jung S，Bishop JG，Schnabelrauch D，Kroymann J 和 Mitchell-Olds T（2006）Boechera stricta 基因组的部分鸟枪法测序揭示了与拟南芥的广泛微共线性及启动子保守性。 Plant Physiol., 140, 1169-82

  19. Wuchty S（2006）蛋白质结构域相互作用网络中的拓扑结构和权重 - 一种预测蛋白质相互作用的新方法。 BMC Genomics, 7, 122

  20. Zapala MA 和 Schork NJ（2006）距离矩阵的多元回归分析，用于检验基因表达模式与相关变量之间的关联。 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 103, 19430-5

  21. Zotenko E，O’Leary DP 和 Przytycka TM（2006）二级结构空间构象足迹：一种用于快速蛋白质结构比较和分类的新方法。 BMC Struct. Biol., 6, 12

2005 年出版物

  1. Boomsma W 和 Hamelryck T（2005）完全循环坐标下降：在 Cα 空间中解决蛋白质环闭合问题。 BMC Bioinformatics, 6, 159

  2. Armstrong MR，Whisson SC，Pritchard L，Bos JI，Venter E，Avrova AO，Rehmany AP，Böhme U，Brooks K，Cherevach I，Hamlin N，White B，Fraser A，Lord A，Quail MA，Churcher C，Hall N，Berriman M，Huang S，Kamoun S，Beynon JL 和 Birch PR（2005）一个祖先卵菌基因座包含晚疫病无毒基因 Avr3a，编码在宿主细胞质中被识别的蛋白质。 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 102, 7766-71

  3. Curk T，Demsar J，Xu Q，Leban G，Petrovic U，Bratko I，Shaulsky G 和 Zupan B（2004）使用可视化编程进行微阵列数据挖掘。 Bioinformatics, 21, 396-8

  4. Dimmic MW，Hubisz MJ，Bustamante CD 和 Nielsen R（2005）使用贝叶斯突变映射检测共同进化的氨基酸位点。 Bioinformatics, 21 Suppl 1, i126-35

  5. Feder M 和 Bujnicki JM（2005）鉴定了一个新的推定 PD-(D/E)XK 核酸酶家族，具有不寻常的系统发育分布和一种新型的活性位点。 BMC Genomics, 6, 21

  6. Friedberg I 和 Godzik A（2005）Fragnostic：遍历蛋白质结构空间。 Nucleic Acids Res., 33, W249-51

  7. Herskovic JR 和 Bernstam EV（2005）使用不完整的引文数据进行 MEDLING 结果排名。 AMIA Annu Symp. Proc, 316-320

  8. Hamelryck T（2005）氨基酸有两面：一种新的二维度量提供了一种不同的溶剂暴露视图。 Proteins, 59, 38-48

  9. Johannessen BR，Skov LK，Kastrup JS，Kristensen O，Bolwig C，Larsen JN，Spangfort M，Lund K 和 Gajhede M（2005）尘螨过敏原 Der f 2 的结构：对功能和 IgE 交叉反应的分子基础的启示。 FEBS Lett., 579, 1208-12

  10. Majumdar I，Krishna SS 和 Grishin NV（2005）PALSSE：一个从蛋白质结构中勾画线性二级结构元素的程序。 BMC Bioinformatics, 6, 202

  11. Neerincx PB 和 Leunissen JA（2005）生物信息学中网络服务的演变。 Brief. Bioinformatics, 6, 178-88

  12. Trissl S，Rother K，Müller H，Steinke T，Koch I，Preissner R，Frömmel C 和 Leser U（2005）Columba：一个蛋白质、结构和注释的综合数据库。 BMC Bioinformatics, 6, 81

  13. Olsen HG，Lien S，Gautier M，Nilsen H，Roseth A，Berg PR，Sundsaasen KK，Svendsen M 和 Meuwissen TH（2005）将牛奶产量数量性状基因座定位到牛染色体 6 上的 420 kb 区域。 Genetics, 169, 275-83

  14. Whisson SC，Avrova AO，Lavrova O 和 Pritchard L（2005）卵菌植物病原体 Phytophthora infestans 基因组中的短散布重复元件家族。 Fungal Genet. Biol., 42, 351-65

2004 年出版物

  1. Bell KS，Sebaihia M，Pritchard L，Holden MT，Hyman LJ，Holeva MC，Thomson NR，Bentley SD，Churcher LJ，Mungall K，Atkin R，Bason N，Brooks K，Chillingworth T，Clark K，Doggett J，Fraser A，Hance Z，Hauser H，Jagels K，Moule S，Norbertczak H，Ormond D，Price C，Quail MA，Sanders M，Walker D，Whitehead S，Salmond GP，Birch PR，Parkhill J 和 Toth IK（2004）肠杆菌植物病原体 Erwinia carotovora subsp. atroseptica 的基因组序列及毒力因子的鉴定。 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 101, 11105-10

  2. Chapman BA，Bowers JE，Schulze SR 和 Paterson AH（2004）一种比较系统发育方法用于测定全基因组复制事件的年代。 Bioinformatics, 20, 180-5

  3. Flanagan K，Stevens R，Pocock M，Lee P 和 Wipat A（2004）用于基因组比较和基因组重排的本体论。 Comp. Funct. Genomics, 5, 537-44

  4. de Hoon MJ，Imoto S，Nolan J 和 Miyano S（2004）开源聚类软件。 Bioinformatics, 20, 1453-4

    这描述了 Bio.Cluster 模块。

  5. Gentleman RC，Carey VJ，Bates DM，Bolstad B，Dettling M，Dudoit S，Ellis B，Gautier L，Ge Y，Gentry J，Hornik K，Hothorn T，Huber W，Iacus S，Irizarry R，Leisch F，Li C，Maechler M，Rossini AJ，Sawitzki G，Smith C，Smyth G，Tierney L，Yang JY 和 Zhang J（2004）Bioconductor：用于计算生物学和生物信息学的开源软件开发。 Genome Biol., 5, R80

  6. King GJ（2004）生物信息学：为植物和作物科学收集信息。 Semin. Cell Dev. Biol., 15, 721-31

  7. Swart EC，Hide WA 和 Seoighe C（2004）FRAGS：从片段数据估计编码序列替代率。 BMC Bioinformatics, 5, 8

2003 年出版物

  1. Bowers JE，Chapman BA，Rong J 和 Paterson AH（2003）通过染色体复制事件的系统发育分析揭示被子植物基因组的演化。 Nature, 422, 433-8

  2. Ernst P，Glatting KH 和 Suhai S（2003）一个用于网络界面 W2H 的任务框架。 Bioinformatics, 19, 278-82

  3. Goto，N，Nakao，NC，Kawashima，S，Katayama，T，Kanehisa，T.（2003）BioRuby：开源生物信息学库。 Genome Informatics, 14, 629-630

    本文介绍了 BioRuby

  4. Hamelryck T 和 Manderick B（2003）用 Python 实现的 PDB 文件解析器和结构类。 Bioinformatics, 19, 2308-10

    这描述了 Bio.PDB 模块。

  5. De Hoon，MJL，Chapman，BA，Friedberg，I（2003）使用 Biopython 进行生物信息学和计算生物学。 Genome Informatics, 14, 298-299

  6. Horner DS 和 Pesole G（2003）对齐同源蛋白质序列之间相对位点变异性的估计。 Bioinformatics, 19, 600-6

  7. Kummerfeld SK，Weiss AS，Fekete A 和 Jermiin LS（2003）AMID：基因内重复的自主建模器。 Appl. Bioinformatics, 2, 169-76

  8. Linding R，Russell RB，Neduva V 和 Gibson TJ（2003）GlobPlot：探索蛋白质序列的球状性和无序性。 Nucleic Acids Res., 31, 3701-8

  9. Sugawara H 和 Miyazaki S（2003）公共序列数据库提供的生物 SOAP 服务器和网络服务。 Nucleic Acids Res., 31, 3836-9

  10. Wroe CJ，Stevens R，Goble CA 和 Ashburner M（2003）使用 DAML+OIL 将基因本体论迁移到描述逻辑环境的方法。 Pac Symp Biocomput, 624-635

2002 年出版物

  1. Chang JT，Schütze H 和 Altman RB（2002）从 MEDLINE 创建缩略语在线词典。 J Am Med Inform Assoc, 9, 612-20

  2. Lenhard B 和 Wasserman WW（2002）TFBS：用于转录因子结合位点分析的计算框架。 Bioinformatics, 18, 1135-6

  3. Mangalam H（2002）Bio* 工具包 - 简介。 Brief. Bioinformatics, 3, 296-302

  4. Raychaudhuri S，Chang JT，Sutphin PD 和 Altman RB（2002）使用最大熵分析生物医学文献将基因与基因本体代码关联起来。 Genome Res., 12, 203-14

  5. Raychaudhuri S，Schütze H 和 Altman RB（2002）使用文本分析识别功能一致的基因组。 Genome Res., 12, 1582-90

  6. Stajich JE，Block D，Boulez K， Brenner SE，Chervitz SA，Dagdigian C，Fuellen G，Gilbert JG，Korf I，Lapp H，Lehväslaiho H，Matsalla C，Mungall CJ，Osborne BI，Pocock MR，Schattner P，Senger M，Stein LD，Stupka E，Wilkinson MD 和 Birney E（2002）Bioperl 工具包：用于生命科学的 Perl 模块。 Genome Res., 12, 1611-8

    本文介绍了 BioPerl

  7. Stein L（2002）创建生物信息学国家。 Nature, 417, 119-20

2001 年出版物

  1. Achard F，Vaysseix G 和 Barillot E（2001）XML、生物信息学和数据集成。 Bioinformatics, 17, 115-25

  2. Chang JT，Raychaudhuri S 和 Altman RB（2001）包含生物文献可改善同源性搜索。 Pac Symp Biocomput, 374-83

  3. Gemünd C，Ramu C，Altenberg-Greulich B 和 Gibson TJ（2001）Gene2EST：一个 BLAST2 服务器，用于使用真核基因大小的查询搜索表达序列标签 (EST) 数据库。 Nucleic Acids Res., 29, 1272-7

  4. 川上直人，大友陽子，村上健，松原賢，河合純，Carninci P，林崎裕之，菊地成樹和樋口和也 (2001) 多个锌指基序与植物和昆虫的比较。 基因组信息学, 12, 368-369

  5. Ramu C (2001) SIR: 用于生物平面文件数据库的简单索引和检索系统。 生物信息学, 17, 756-8

  6. Woodwark KC (2001) 会议回顾：2001 年生物信息学开源大会 (BOSC 2001)。 计算功能基因组学, 2, 327-9

2000 年出版物

  1. Chapman BA 和 Chang JT (2000)。Biopython：用于计算生物学的 Python 工具。 ACM SIGBIO 新闻通讯, 20, 15-19

    这作为正式项目公告

  2. Ramu C，Gemünd C 和 Gibson TJ (2000) 使用 Python 对生物数据库进行面向对象的解析。 生物信息学, 16, 628-38

1999 年出版物

  1. Sanner MF (1999) Python：用于软件集成和开发的编程语言。 J. Mol. Graph. Model., 17, 57-61

请注意 Biopython 项目始于 1999 年。