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Biopython 中的群体遗传学

Biopython 在 Bio.PopGen 模块中提供了群体遗传学功能。

1. 访问 Genepop 方法（Hardy–Weinberg 平衡的精确检验、群体分化、基因型不平衡、F 统计量、零等位基因频率、微卫星的基于等位基因大小的统计量等等）。
2. 通过 SIMCOAL2 和 fastsimcoal2 进行的凝聚模拟。
3. 通过 fdist2 进行的选择检测

有关如何使用 Bio.PopGen 访问 Genepop 的文档可以 在这里 找到。

与 SIMCOAL2 和 fdist2 交互的文档可以在 教程 (PDF) 中的 PopGen 章中找到。

其他软件

Python 程序员可能想考虑 PyPop，它包括种群内频率统计和 simuPOP 用于正向时间群体遗传学。

未来发展

有关未来发展可能性的任何说明（或讨论）应限于 PopGen 开发 页面。