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PopGen 模块开发页面。

介绍

PopGen 模块包含用于处理群体遗传学数据、应用和算法的模块。

历史和理念

现有的大多数 Bio.PopGen 功能是非核心群体遗传学功能。这被视为一个特性(而不是一个错误),以便开始构建一个具有功能的模块,在该模块中,新手粗俗错误不会产生严重后果。目前,随着积累的经验,有可能并且希望集中于核心群体遗传学功能(即统计)。

同样值得注意的是,我们尽可能地包装现有功能。例如,我们不提供自己的合并模拟器,而是为一个已建立且广泛使用的现有模拟器(SIMCOAL2)提供包装器。

未来目标

基本目标是支持“经典”群体遗传学操作(统计)。这应该在一个可扩展、易于使用和面向未来的框架中提供。代码存在(参见下面如何找到它),但可能会被重构。下面还列出了一个愿望清单,您可以在其中添加您希望的功能。

代码和贡献

我们非常欢迎您的贡献。您应该遵循 Biopython 的一般开发指南。

愿望清单