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Biopython 活动项目列表。

此页面提供了一个集中位置，用于收集对活动项目的引用。如果您有兴趣为 Biopython 做贡献并想找到正在进行的大型项目，这是一个不错的起点。对于开发人员，请使用此页面引用您将长期从事工作的 git 分支或其他项目。请在项目完成并集成到 Biopython 后及时更新。

当前项目

将 Biopython 文档移植到 Sphinx

我们已经提出将 Biopython 的文档从现有的 LaTeX（食谱和主文档）和 EpyDoc（API 文档）组合移植到 Sphinx。这是一个多步骤的过程，我们将逐步进行，随时欢迎您的帮助。

扩展 Bio.PDB

João Rodrigues 的暑期代码项目旨在为 Bio.PDB 结构生物学模块引入几个新功能：用于向结构添加极性氢的函数，根据结构信息和注释探测 SS 键，重新编号残基，对结构进行粗粒化等。项目的更全面的布局可以在此维基百科页面上找到，代码在一个 GitHub 分支上。Bio.PDB 的新代码也是为 GSoC 2011 编写的。João 和 Eric 现在正在努力将此新代码集成到 Biopython 中。

群体遗传学开发

Giovanni 和 Tiago 正在努力扩展 Biopython 中的群体遗传学代码。有关更多详细信息，请参阅群体遗传学开发页面。

GFF 解析器

Brad 正在开发 Biopython GFF 解析器。源代码可从 git hub 获得。文档正在 GFF 解析页面进行中。请参阅有关初始实现和 MapReduce 并行版本的博客文章。

生物地理学

Nick Matzke 通过 NESCent 的 Phyloinformatics Summer of Code 2009，为 BioPython 开发了一个生物地理学模块，作为一项 Google 暑期代码项目。请参阅项目提案：Biopython 的生物地理学系统发育学。指导老师是 Stephen Smith（主要）、Brad Chapman 和 David Kidd。新模块在此维基百科页面中以 BioGeography 进行了说明。

代码目前位于 Nick 的 GitHub 上的 Geography 分支的 Bio/Geography 目录中，Eric 正在准备将其集成到 Biopython 主干的另一个分支中。

RNA 结构

Kristian Rother 提供了几个用于处理 RNA 数据的分支。它们主要用于解析 RNA 二级结构 1 以及处理代表修饰 RNA 核苷酸的 Bio.Sequence 对象 2。

Biopython 2

讨论有关具有重构内部结构的新版 Biopython。

开放式增强问题/拉取请求

值得查看开放式 GitHub 问题和 GitHub 拉取请求。

github.com 上的分支

github.com 上的 Biopython 网络图将显示我们存储库的所有公共分支，因此您可以看到正在进行的工作。遗憾的是，由于越来越多的人为 Biopython 做贡献，这已经不再能提供良好的概览，例如无法进行缩放。

项目想法

请添加任何关于 Biopython 新增内容的想法或建议。有关当前代码的错误和增强功能，应通过 GitHub 进行讨论。

构建一个通用工具来过滤包含模糊或低质量碱基的序列。来自 BioPerl 的 Chris Fields 有兴趣协调 BioPerl/Biopython 实现。请参阅邮件列表中的这些讨论主题：http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython/2009-July/005355.html、http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython/2009-July/005342.html

使用 SQLAlchemy（一个对象关系映射器）来处理 BioSQL 内部结构。这将为 Biopython 添加一个额外的外部依赖项，但提供对 SQLite 等其他数据库的即时支持。它还将在 SeqRecord 类似接口不足时，为 BioSQL 数据库提供原始对象接口。Brad 和 Kyle 已经为此编写了一些初始代码。

改造 GEO SOFT 解析器，借鉴 Sean Davis 在 R/Bioconductor 中的 GEOquery 解析器中使用的方法。另请参阅此页面。

为 PAML 补充输出文件（rst 文件）编写一个解析器，用于 Bio.Phylo.PAML。目前仅解析主要输出文件，但补充输出文件包含可能对祖先序列重建、所有位点的贝叶斯后验概率估计（用于正选择）等有用的信息。该格式通常与主要输出文件不同，并且在模型之间可能差异更大，因此需要格外注意。

增强功能列表

维护软件需要对新格式更改进行增量改进并消除错误。请参阅 GitHub 拉取请求、开放式问题列表和我们旧的问题跟踪器，以获取概览。

如果您有兴趣解决任何开放式问题，请发布到开发者邮件列表。