Biopython2

Biopython 2 的想法

此页面主要是关于在邮件列表中讨论的关于可能的 Biopython 版本 2 的想法的集合。

如果我遗漏了什么，请接受我的歉意并相应地更改。

我试图保持中立的语气，但有时我们可能希望包括对某些选项的主要论据，以便读者了解主要论据的要旨。

依赖项

• 依赖于 matplotlib、numpy 和 scipy 或
• 创建一个可接受的依赖项列表（例如 requests 或 pandas），开发人员可以使用这些依赖项

文档

• 似乎有一个共识，即 API 文档优先
• 建议使用 numpydoc 和 Sphinx
• Jupyter Notebook 与 HTML 用于教程。
• 是否停止使用 Latex？

弃用 Python 2？

正在进行的讨论

使用哪个 Python 3 版本？

• 所有版本？（没有人为此辩护）
• 3.5
• 我们开始开发 Bioython 2 时使用最新的版本（例如，现在意味着 3.6）

包和小模块名称使用小写

包和小模块使用小写似乎是共识。

顶级策略

• 命名为 biopy.？biopython.？biop.*？
• 顶级有多少个模块？没有或一些基本的东西（生命异常，抽象文件管理）
• 自动导入所有内容，还是部分导入？甚至什么也不导入？

包组织

哪些子包？与模块化方法密切相关（见下文）

有人想在这里写一些关于选项的信息吗？

模块系统

• 是否应该有一个模块系统，其中包含核心模块，允许第三方创建扩展，类似于 Biogems
• Bow 的工作可能是 起点

删除过时的子包

讨论要删除哪些包

Biopython 1 和 2 之间的关系

• 是否有代码共享？如果是，如何？代码共享应该危及所需的 Bioypthon 2 功能和体系结构
• API 可能不兼容

可行性

是否有时间做这件事？