界面分析

描述

Biopython 中集成的 Interface 模块提供了一种简单友好的方法来从 PDB 复合物中提取和分析界面。在提取界面的同时，还计算并提供了不同的信息：- 极性/非极性/带电残基分布 - 埋藏表面积。

该模块由 Mikael Trellet 在 2011 年 Google 代码之夏期间开发，目前尚未在 Biopython 的官方存储库中提供。但是，您可以在当前链接处找到代码（开源）：GitHub 源代码 为了保证相关性和完整性，Interface 模块与扩展残基并行工作，扩展残基是在同一时期创建的，也是在之前的链接中提供的一种残基子类。

需求

Interface 分析模块的主要部分只需要 Biopython 和 Python 2.7 的稳定安装。可以使用 Biopython 中的 NACCESS 模块对界面进行更精确的定义，但需要 Naccess 的稳定版本（可在 NACCESS 中获得）。

如何使用

初始化

从复杂 PDB 中提取界面

from Bio.PDB import InterfaceBuilder

parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure("test", "/home/directory/of/your/PDB/test.pdb")

然后只需一行即可提取界面

interface = InterfaceBuilder.InterfaceBuilder(structure[0]).get_interface()

从 Interface 对象中包含一些函数和信息

• 获取链

chains = interface.get_chains()
for c in chains:
    print(c)

• 添加残基

interface.add(structure[0]["A"][24])

• 获取二级结构分布

ss = interface.secondary_structure

进一步进行自身计算

可以从单个界面中计算出一些统计信息和信息

• 极性统计

percent = interface.calculate_polarity()

• 为界面中每个残基设置一个邻居字典

neighbors = interface.set_neighbors()

• 计算界面和复合物的可及性

access = interface.calculate_accessibility()

比较 2 个界面

为了比较 2 个界面，间接地比较 2 个复合物，可以进行一些计算

• 均方根偏差

rmsd = interface.rmsd(interface2)

• 常见接触的比例

fcc = interface.fcc(interface2)