BioSQL.Loader 模块

将 biopython 对象加载到 BioSQL 数据库中以进行持久化存储。

此代码使您可以将 biopython 对象存储在关系数据库中，然后将其检索回来。您不应直接使用此模块中的任何类。相反，请对数据库对象调用 load() 方法。

class BioSQL.Loader.DatabaseLoader(adaptor, dbid, fetch_NCBI_taxonomy=False)

基类：object

用于将 SeqRecord 对象加载到 BioSQL 数据库中的对象。

__init__(adaptor, dbid, fetch_NCBI_taxonomy=False)

使用数据库的连接信息进行初始化。

创建 DatabaseLoader 对象通常由 BioSeqDatabase DBServer 对象处理，例如

from BioSQL import BioSeqDatabase
server = BioSeqDatabase.open_database(driver="MySQLdb",
                                      user="gbrowse",
                                      passwd="biosql",
                                      host="localhost",
                                      db="test_biosql")
try:
    db = server["test"]
except KeyError:
    db = server.new_database("test",
    description="For testing GBrowse")

load_seqrecord(record)

将 Biopython SeqRecord 加载到数据库中。

class BioSQL.Loader.DatabaseRemover(adaptor, dbid)

基类：object

通过完全删除数据库来补充 Loader 功能。

这可能对于正常目的而言并不实用，因为您可以简单地执行

DROP DATABASE db_name

然后重新创建数据库。但是，这对于测试目的非常有用。

__init__(adaptor, dbid)

使用数据库 ID 和适配器连接进行初始化。

remove()

删除与给定数据库 ID 相关的所有内容。