BioSQL.BioSeq 模块

在 BioSQL 之上实现类似 Biopython 的 Seq 对象。

这允许使用类似 biopython 的 SeqRecord 和 Seq 接口检索存储在 BioSQL 数据库中的项目。

注意：目前我们不支持在 BioSQL 中记录每个字母的注释（如质量得分）。

class BioSQL.BioSeq.DBSeqRecord(adaptor, primary_id)

基类：SeqRecord

BioSQL 等效于 Biopython SeqRecord 对象。

__init__(adaptor, primary_id)

创建一个 DBSeqRecord 对象。

参数

• adaptor - 一个 BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor 对象

• primary_id - BioSQL 使用的内部整数 ID

您通常不会自己创建 DBSeqRecord 对象，使用 BioSeqDatabase 对象时会为您完成此操作。

property seq

Seq 对象

property dbxrefs: list[str]

数据库交叉引用。

property features

特征

property annotations: dict[str, str | int]

注释。