Bio.Align.bigpsl 模块
Bio.Align 对 bigPsl 格式的对齐文件提供支持。
bigPsl 文件是一个 bigBed 文件，具有 BED12+13 格式，包含 12 个预定义的 BED 字段和 13 个在 autoSql 文件 bigPsl.as 中定义的自定义字段。此模块使用 Bio.Align.bigbed 模块来解析文件，但以 bigPsl.as 中定义的 PSL 兼容方式存储数据。由于 bigPsl 格式是 bigBed 格式的特例，因此 bigPsl 文件是二进制的，并被索引为 bigBed 文件。
有关更多信息，请参阅 http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bigPsl.html。
您应该通过 Bio.Align 函数来使用此模块。
- class Bio.Align.bigpsl.AlignmentWriter(target, targets=None, compress=True, extraIndex=(), cds=False, fa=False, mask=None, wildcard='N')
-
用于 bigPsl 文件格式的对齐文件写入器。
- fmt: str | None = 'bigPsl'
- __init__(target, targets=None, compress=True, extraIndex=(), cds=False, fa=False, mask=None, wildcard='N')
创建一个 AlignmentWriter 对象。
- 参数
target - 输出流或文件名。
- targets - 一个包含染色体对象的 SeqRecord 列表，
顺序与它们在对齐中的顺序相同。每个 SeqRecord 中的序列内容可以是未定义的，但序列长度必须定义，例如
SeqRecord(Seq(None, length=248956422), id=”chr1”)
如果 targets 为 None（默认值），则对齐必须具有一个属性 .targets，该属性提供 SeqRecord 对象列表。
- compress - 如果为 True（默认值），则使用 zlib 压缩数据。
如果为 False，则不压缩数据。
- extraIndex - 包含要索引的额外列名称的字符串列表。
默认值为一个空列表。
- cds - 如果为 True，则查找类型为 CDS 的查询特征，并在
PSL 文件中以 NCBI 样式写入它（默认值：False）。
- fa - 如果为 True，则将查询序列包含在 PSL 文件中
（默认值：False）。
- mask - 指定目标序列中的重复区域是否被
屏蔽，并应在 repMatches 字段中而不是 matches 字段中报告。可接受的值为 None：无屏蔽（默认）；“lower”：通过小写字符屏蔽；“upper”：通过大写字符屏蔽。
- wildcard - 将对齐到目标或查询序列中的通配符字符
报告到 nCount 字段中而不是 matches、misMatches 或 repMatches 字段中。默认值为 'N'。
- write_file(stream, alignments)
写入文件。
- __abstractmethods__ = frozenset({})